Lần thứ nhất

Sử Việt Nam chép Hoàng Phúc sang Việt Nam hai lần. Lần đầu ở Việt Nam suốt 18 năm, từ 1406 đến 1424. Lần thứ hai sang với tư cách trợ lý cho Liễu Thăng năm 1427. Trong lần đầu, Hoàng Phúc được giao đứng đầu 2 ty là Bố Chính và Án Sát. Như thế, trong bộ máy cai trị của nhà Minh đặt tại Đại Việt, Hoàng Phúc là người đứng đầu bộ phận dân sự. Về sự cai trị của Hoàng Phúc, Khâm định Việt sử thông giám cương mục phần Chính biên cuốn XIII có chép như sau:

"Chân Công Bộ thượng thư kiêm giữ công việc hai ti Bố, Án tại Giao châu, Hoàng Phúc ở Giao Châu mười tám năm, coi dân như con đẻ. Từ chính sự đến mệnh lệnh đều sắp xếp có đầu mối, có kế hoạch, công việc không cứ lớn hay nhỏ, Phúc đều hết lòng cả. Vua Minh vì thấy Phúc đã lâu năm khó nhọc ở ngoài, nên triệu Phúc về nước."

Còn Trần Trọng Kim viết trong Việt Nam sử lược như sau:

"Bọn Hoàng Phúc ở lại sửa sang các việc trong nước để khiến cho người An Nam đồng hóa với người Tàu. Lập ra đền miếu, bắt người mình cúng tế theo tục bên Tàu, rồi từ bỏ cách ăn mặc cho chí sự học hành, việc gì cũng bắt theo như người Tàu cả. Còn cái gì là di tích của nước mình như là sách vở thì thu nhặt đem về Tàu hết sạch. Lại đặt ra thuế lệ, bổ thêm sưu dịch để lấy tiền của, làm cho dân ta bấy giờ phải nhiều điều khổ nhục."

Năm 1424, Hoàng Phúc quay về nước làm lại chức Công bộ thượng thư.

Lần thứ hai

Lần thứ 2 Hoàng Phúc đi cùng đạo quân của Liễu Thăng sang Việt Nam lại với chức vụ "kiêm giữ công việc hai ty Bố chính và Án sát" (KĐVSTGCM). Trong trận Chi Lăng, Liễu Thăng bị Lê Sát phục kích giết chết, sau đó lần lượt các chỉ huy quân sự tiếp theo của đạo quân cứu viện là Lương Minh, Lý Khánh cũng chết trận. Hoàng Phúc cùng Thôi Tụ dẫn tàn quân chạy về thành Xương Giang, dọc đường bị tập kích dữ dội. Đến Xương Giang, thấy thành đã rơi vào tay nghĩa quân Lam Sơn, Hoàng Phúc và Thôi Tụ đành cho quân đóng doanh trại ngoài đồng trống. Quân Lam Sơn bao vây tấn công, Hoàng Phúc bị bắt và đầu hàng, Thôi Tụ bị bắt nhưng không chịu hàng nên bị giết. Minh sử chép lại sự kiện này như sau:

"Thôi Tụ thống suất quan quân tiến đánh Xương Giang, gặp địch, bọn Tụ hăng hái liều chết cố đánh. Tụ là viên tướng kỳ cựu, nhưng vì trong lúc bối rối, nguyên súy mới bị tử trận, quan lại và quân sĩ nao núng, nhộn nhạo, nên khi bị địch lùa voi ra đánh thì quan quân đổ vỡ tan tành: Tụ bị bắt. Công bộ thượng thư Hoàng Phúc bị địch bắt làm tù binh".

Lê Lợi sai đưa Hoàng Phúc đem hổ phù của Liễu Thăng và ấn thượng thư đưa cho Vương Thông đang cố thủ ở thành Đông Quan. Vương Thông thấy thế liền xin Lê Lợi nghị hòa. Sau khi hai bên đạt được thỏa thuận ngừng chiến và Vương Thông cam kết rút lui, Hoàng Phúc được tha, cùng Sơn Thọ dẫn người, ngựa theo đường bộ rút về nước.